本計畫案旨在調查縣市合併前臺南市行政區域範圍（東區、北區、中西區、南區為主），與安平區的重要遺構（熱蘭遮城、大員市鎮）17世紀至20世紀初期（荷治至日治時期）開發範圍內各重要行政機構或文化設施（歷史敏感區），另也納入五條港岸、城垣與城門、祀典官廟等類型的標的，這些相關建造物與設施雖大部分已不存，惟地下與周遭仍可能存有遺跡或遺構。因此希望藉由蒐集相關文獻資料、圖資，並與現況比對，作為市府業務執行參考，以避免重要歷史遺構、遺跡因未知而遭受破壞。

本計畫案工作流程大致可分為：文獻史料蒐集分析、相關圖資套疊、現地調查、敏感區界定、管理維護與建議。首先針對各標的進行文獻史料蒐集，將整理清治時期文獻方志、日治時期研究專書及檔案（土地臺帳、寺廟臺帳、總督府）、近代研究專書、調查報告書，並利用線上資料庫進行史料的蒐集，為各標的梳理歷史沿革、建造史以及其空間資訊，作為現地調查的前置作業。

在本計畫的套疊工作上，預計以現今地圖或正射影像為依據，從中選擇控制點與檢核點，比對具有座標系統的歷史圖資與現代地圖進行糾正對位（使用圖資見第肆章）。套疊之結果，將作為調查底圖，進行後續的現場調查工作。
於現場調查部分，則著重於地上古蹟、歷史建築、紀念建築及聚落建築群之相關史料與地籍資料的彙整研析，以及地上古蹟、歷史建築、紀念建築及聚落建築群等之整建、修復、再利用、拆除、廢棄等不同利用型態的形成過程的現地調查與紀錄。最終將上述各階段工作成果，整理為「臺南市歷史（古蹟）敏感區調查表」